Перейти с УСН на ЕНВД

Непонятно почему вы до сих пор не платите ЕНВД? Судя по вашему вопросу вы находитесть на УСН, раздельный учет по видам деятельности у вас не ведется.
Следует отметить, что на основании НК РФ и Закона Санкт-Петербурга "О введени на территории СПб системы налогообложения в виде единого налога на вмнененный доход для отдельныхъ видов деятельности" переход на указанную систему налогообложения является обязательным для всех налогоплательщиков,осуществляющих виды предпринимательской деятельности, перечисленные в данных документах.
Согласно ст. 346.26 Налогового Кодекса система налогообложения в виде единого налога на вмененный доход для отдельных видов деятельности применяется в отношении деятельности, связанной с оказанием автотранспортных услуг по перевозке пассажиров и грузов, осуществляемых организациями и индивидуальными предпринимателями, эксплуатирующими не более 20 транспортных средств.
В целях применения единого налога на вмененный доход под транспортными средствами следует понимать транспортные средства, предназначенные для перевозки по дорогам пассажиров и грузов (автобусы любых типов, легковые и грузовые автомобили).
Таким образом, если одним из видов деятельности вашей организации являются грузовые перевозки, то вы обязаны вести раздельный учет по видам деятельности и платить ЕНВД с данного вида деятельности.
По остальным видам деятетельности не попадающим под ЕНВД вы можете выбирать сами какую систему налогообложения вам выбрать: общую или УСН.