Курьерская служба, какая система налооблажения?

Очевидно Вы попадаете под упрощенную систему налогообложения, т.к. по единому налогу (ЕНВД) в списке нет такого вида деятельности.

На территории Санкт-Петербурга единый налог вводится в отношении следующих видов предпринимательской деятельности:
1) оказания бытовых услуг, их групп, подгрупп, видов и (или) отдельных бытовых услуг, классифицируемых в соответствии с Общероссийским классификатором услуг населению;
2) оказания ветеринарных услуг;
3) оказания услуг по ремонту, техническому обслуживанию и мойке автотранспортных средств;
4) оказания услуг по хранению автотранспортных средств на платных стоянках;
5) оказания автотранспортных услуг по перевозке пассажиров и грузов, осуществляемых организациями и индивидуальными предпринимателями, имеющими на праве собственности или ином праве (пользования, владения и (или) распоряжения) не более 20 транспортных средств, предназначенных для оказания таких услуг;
6) розничной торговли, осуществляемой через киоски, палатки, лотки и другие объекты стационарной торговой сети, не имеющей торговых залов, а также объекты нестационарной торговой сети;
7) оказания услуг общественного питания, осуществляемых через объекты организации общественного питания, не имеющие зала обслуживания посетителей;
8) распространения и (или) размещения наружной рекламы;
9) распространения и (или) размещения рекламы на автобусах любых типов, трамваях, троллейбусах, легковых и грузовых автомобилях, прицепах, полуприцепах и прицепах-роспусках, речных судах;
10) оказания услуг по передаче во временное владение и (или) пользование стационарных торговых мест, расположенных на рынках и в других местах торговли, не имеющих залов обслуживания посетителей;
11) розничной торговли, осуществляемой через магазины и павильоны с площадью торгового зала не более 150 квадратных метров по каждому объекту организации торговли.