Правило «пяти процентов» можно применять и при нулевой ставке НДС
Компании, которые наряду с операциями, облагаемыми НДС по нулевой ставке, осуществляют операции, не подлежащие налогообложению, а расходы по ним составляют менее 5 процентов, могут не вести раздельный учет сумм налога.
Такое разъяснение дал Минфин России в письме от 17.06.14 № 03-07-P3/28714. Правило «пяти процентов» действует в отношении операций, которые не облагаются НДС (п. 4 ст. 170 НК РФ). При совершении в одном налоговом периоде облагаемых и необлагаемых НДС операций, должен вестись раздельный учет сумм налога. Однако, если в расходах на приобретение, производство и реализацию за налоговый период затраты, связанных с освобожденными от НДС операциями, составляют не более 5%, то раздельный учет можно не вести. При этом суммы налога, предъявленные продавцами, можно принимать к вычету. Таким образом, пояснили чиновники, правило «пяти процентов» можно применять и том случае, когда наряду с необлагаемыми НДС операциями совершаются операции, которые облагаются НДС по ставке 0%.