Государственный контракт на упрощенке

По Вашему вопросу- При подаче заявки, во второй её части надо было приложить уведомления о применении вашей организацией упрощёнки. При подписании контракта необходимо было обратить внимание на данное условие в переданном Вам контракте. Если (как обычно) Заказчик не обратит внимание на Ваше уведоление о применении УСН, посылается протокол разногласий с указанием данного вопроса. Заказчик обязан будет убрать из контракта НДС. А если в контракте отсутствует НДС, то и оплачивать его не требуется.Основной задачей является - подписать контракт без НДС.
При заключении контрактов на поставки товаров, выполнение работ, оказание услуг для муниципальных нужд с налогоплательщиками, применяющими «упрощенку», цену контракта следует рассчитывать без учета налога на добавленную стоимость.

Поднимите конкурсную документацию, если там, Вы указывали, что работаете по "упрощенке", то это косяк муниципалов тоже. Попробуйте договорится, внести изменения.

Начальная максимальная цена контракта Заказчиком устанавливается с учётом НДС. Если участник облагается НДС, то в контракте указывается данный налог (НДС). А если участник упрощенец, то в контракте указывается НДС не облагается¬ (упрощенная система налогообложения,ст. 346.11 Налогового кодекса). И в первом и во втором случае Заказчик , по выполнению¬ работ, оплачивает¬ стоимость контракта.¬ И это не его дело на какой системе налогообложения находится исполнитель.

Думаю это Вам обязательно поможет:
МИНИСТЕРСТВО ЭКОНОМИЧЕСКОГО РАЗВИТИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ

ПИСЬМО
от 21 июня 2011 г. N Д28-80

Департамент развития конкуренции Минэкономразвития России рассмотрел обращение ООО о разъяснении положений Федерального закона от 21.07.2005 N 94-ФЗ "О размещении¬ заказов на поставки товаров, выполнение работ, оказание услуг для государственных и муниципальных нужд" (далее - Закон) и сообщает свое мнение.
В соответствии со ст. 8 Закона участником размещения заказа может быть любое юридическое лицо независимо от организационно-правовой формы, формы собственности, места нахождения и места происхождения капитала или любое физическое лицо, в том числе индивидуальный предприниматель.
Таким образом, любой участник размещения заказа, в том числе который применяет упрощенную¬ систему налогообложения, вправе участвовать в торгах.
В соответствии с положениями Закона при проведении аукциона устанавливается в документац¬ии об аукционе начальная (максимальная) цена контракта. При установлен¬ии начальной (максимальной) цены заказчик должен учитывать все факторы, влияющие на цену: условия и сроки поставки, риски, связанные с возможностью повышения цены, и иные платежи, связанные с оплатой поставляемых товаров (работ, услуг).
Помимо начальной (максимальной) цены контракта, заказчик устанавливает требование к формированию цены контракта, а именно указывает, что в составе заявки участник размещения заказа должен установить цену с учетом или без учета налогов и других обязательных платежей.
В соответствии с ч. 10 ст. 41.12 Закона государственный или муниципальный контракт по результатам аукциона заключается на условиях, указанных в извещении о проведении открытого аукциона в электронной форме и документации об аукционе, по цене, предложенной победителем аукциона.
Таким образом, с учетом положений Закона контракт заключаетс¬я по цене победителя¬ аукциона вне зависимости от применения системы налогообложения у победителя.