Контрагенты у которых есть несколько складов. Как оформить правильно?

В БП8 2.0 в документе Реализация товаров и услуг есть вкладка «Дополнительно», на которой можно указать Грузополучателя (филиал с другим КПП). При этом в форме ТОРГ-12 в графе Плательщик будет указан Контрагент-головная организация, а в графе Грузополучатель - Контрагент-филиал. И проводки отгрузки будут сформированы на головную организацию, тем самым закрывая оплату.
Так же можно сделать с головной организацией разные договоры для разных филиалов, чтобы отслеживать отгрузку (Формировав оборотку по 62 счету с выбором аналитики «Докговор»).
Если эти варианты Вам не подходят, то в программе есть документ «Корректировка долга» (меню продажи/Корректировка долга), которым можно переносить задолженность с одного контрагента на другого. У документа есть 3 разные вида операции: Проведение взаимозачета, Перенос задолженности, списание задолженности. Вам подойдет перенос задолженности, с помощью которой Кредитовую задолженность Головной организации можно перенести на контрагента-филиал, тем самым закрыть их Дебетовую задолженность.